Московская Федерация кикбоксинга была создана в 1991 году.
Первым Президентом Федерации был избран Заслуженный тренер России Константин Новиков, ныне возглавляющий спортивную школу ЦСКА. Непосредственный вклад в развитие Федерации и подготовки спортсменов внесли первый старший тренер сборной Москвы Вадим Клещев, на протяжении многих лет возглавляющий отделение кикбоксинга на кафедре бокса РГУФК, а также тренеры, стоявшие у истоков работы МФК: Юрий Леонтьев, Владимир Петухов, Петр Новосельцев.
В период с 1993 года почти десять лет Московскую Федерацию кикбоксинга возглавлял заслуженный работник физической культуры и крупный предприниматель Николай Николаевич Брага. Это было «золотое» время московского кикбоксинга. Совместно с РПЛ «Китек» Федерация проводила крупнейшие международные турниры с участием звезд мирового кино: Чаком Норрисом, Бенни Уркидсом, Жан-Клодом Ван Дамом и другими. Заслугой в организации этих, без сомнения, выдающихся мероприятий в нашей стране московский кикбоксинг обязан Юрию Ступенькову, одному из первых кикбоксеров в России.
В 1993 году при Московском городском Физкультурно-спортивном объединении в СДЮШОР по боксу было открыто отделение кикбоксинга, в последствии переросшее в СДЮШОР по кикбоксингу МГФСО. Это была первая спортивная школа по кикбоксингу в стране. Создателем и бессменным руководителем школы стал Заслуженный тренер России Марк Ионович Мельцер.

С самого основания школы и по сей день спортсмены этой школы являются лидерами российского и международного кикбоксинга. Достаточно вспомнить лишь некоторых из них: Дмитрия Зрелова, Михаила Кретова, Романа Пижука, Романа Романчука (Чемпиона Европы по кикбоксингу и победителя Кубка Мира по боксу), Марию Кривошапкину, Фатиму Бокову, Александра Воронина, Николая Штаханова, Оксану Васильеву (Заслуженного мастера спорта, неоднократную победительницу чемпионатов Мира и Европы), Александра Погорелова (Заслуженного мастера спорта, 3-х кратного чемпиона мира), Зульфию Кутдюсову (спортсменку-профессионалку в боксе и кикбоксинге), которая представляла московскую школу бокса не только в России, но и в США, а также спортсменов, которые на данном этапе являются членами сборной команды России: Василия и Олега Зайцевых, Армена Арутюнова. Можно долго перечислять спортсменов, чьи успехи в спорте и в жизни связаны с этой школой и спортивным клубом «Китек».
На данный момент в этой спортивной школе работают ветераны московского кикбоксинга, такие как Максим Киселев, Николай Русанов, Борис Кочетов, Николай Иванов, Юрий Леонтьев, Ирина Прокопова и другие.
В период с 1993 по 1999 гг. старшим тренером сборной команды Москвы являлся Заслуженный тренер России Игорь Владимирович Нистратов, которого в последствии сменил на этом посту Чемпион Мира и Европы Вадим Украинцев.
С 2002 по 2006 год МФК возглавил 2-х кратный Чемпион СНГ, Чемпион Мира и Евразии среди профессионалов Дмитрий Иванов. Под его руководством московские спортсмены выезжали на все международные старты и с успехом завоевывали призовые места. В этот период старшим тренером сборной Москвы становится Николай Станиславович Русанов. Он дисциплинировал команду, внес позитивный момент в становление нового поколения московских спортсменов. Под его руководством сборная на протяжении нескольких лет завоевывает первые командные места на Чемпионатах России.
В эти годы в Москве были созданы еще две спортивные школы по кикбоксингу. При ЦСКА школу кикбоксинга возглавил Заслуженный тренер России Константин Юрьевич Новиков. Также было открыто отделение кикбоксинга при ГОУ СФК «Трудовые Резервы» Москомспорта. Непосредственное участие и поддержку открытию отделения оказали директор ГОУ СФК «Трудовые резервы» О.Н.Юзвинский и генеральный директор Федерации кикбоксинга России К.К.Чернов. Возглавил отделение руководитель спортивного клуба боевых искусств «Вымпел» Сергей Львович Коников. С самого начала эта школа уделяет большое внимание развитию детско-юношеского спорта. В ее состав влились такие тренеры как Александр Кунаков, Олег Киселев, Заслуженный тренер России Игорь Нистратов, а также ряд молодых выпускников РГУФК: Иван Котельников и Иван Коников.
Воспитанники школы на Первенстве Европы, проходившем в 2007 году в Португалии, уверенно вошли в плеяду лучших спортсменов Европы среди молодежи. Это Мастера спорта: С. Липинец, И. Усачев, С. Гнутов, А. Булкин, В. Полтавский.
С 2007 года Московскую федерацию кикбоксинга возглавил Сергей Львович Коников. С самого начала своей работы он активизировал работу с государственными структурами и Москомспортом, который с пониманием отнесся к проблемам Федерации, хотя и сейчас имеются сложности связанные с недостатком финансирования сборной команды Москвы, особенно международных поездок. Сложности объективно вызваны большим количеством разделов в кикбоксинге, и в том, что кикбоксинг не является Олимпийским видом спорта.
Заслугой Коникова С.Л. является открытие в Москве нескольких спортивных школ в государственных образовательных учреждениях, таких как Московский казачий кадетский корпус (тренер И. Котельников), открытие отделения кикбоксинга в ДЮСШ №35 (тренеры - А. Сысцов, А. Котов, Г. Маршаков). Эта школа в основном специализируется в разделах семи и лайт-контакт.
При поддержке Федерации в Москве проходят международные турниры. Уже более 10 лет в марте месяце проходит турнир памяти Ю. Ступенькова, который собирает сильнейших кикбоксеров России и стран СНГ. Непосредственное руководство и организацию турнира возглавляет первый Чемпион Мира по кикбоксингу Сергей Воробьев, а также руководитель с/к «Китек» Марк Ионович Мельцер.
Московская Федерация под руководством С.Л. Коникова при поддержке ветеранов спецподразделения «Вымпел» и Центра специального назначения ФСБ РФ, проводят детско-юношеские турниры памяти сотрудников Центра погибших в горячих точках при выполнение служебного долга.
Зимой 2007 года в Москве прошла матчевая встреча «Сборная России - Сборная Мира» в организации этого мероприятия Федерации кикбоксинга России помогала и Московская федерация кикбоксинга. Хочется отметить, что при прекрасной организации и огромных финансовых затратах бои были откровенно слабыми из-за подбора иностранных файтеров. В поединках не было интриги, превосходство российских спортсменов было очевидно всем.
Также стоит отметить, что наладился контакт и началась совместная работа с Московской Ассоциацией бокса. Впервые за историю кикбосинга и бокса, в 2008 году были проведены совместные соревнования - Первенство Москвы по боксу и Чемпионат Москвы по кикбоксингу. Финальная часть поединков прошли в УСЗ РГУФК. Было организованно слаженное судейство этих непростых соревнований. Хотелось бы отметить Сумарукова Александра Ивановича, который уже на протяжении многих лет возглавляет коллегию судей МФК и является наставником молодых судей. Именно при его непосредственном участии судейство прошло на высшем уровне.
При поддержке Федерации в последние годы проходят семинары для молодых судей, в которых Александр Иванович постоянно принимает участие и делится своим богатым опытом, полученным еще в Советском Союзе.
В летний период времени спортсмены Московской федерации кикбоксинга находятся на учебно-тренировочных сборах для подготовки к предстоящим осенним стартам на Первенстве Мира и Чемпионате Европы.